意識到無法阻遏上杉軍攻勢后，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人見勢不妙，就倉皇率三百余武士、足輕、忍者、農兵所組成的軍勢狼狽逃往石部城，準備向主君六角承禎告知菩提寺城、青木城、谷城三城陷落的消息。
起初，六角承禎、六角義治父子并不相信上杉軍會大舉南下發起對甲賀郡的侵攻。他們認為上杉清定還在觀音寺城之中歡慶喜得一子，短時間內是不會揮師南下的。
早在上杉軍櫻田景親部從川守城出陣后，六角承禎、六角義治父子二人就從百地三太夫處獲知了上杉軍大舉來襲的消息。
還不到半天的功夫，位于石部城以北的菩提寺城、青木城、谷城三座支城幾乎在同一時刻陷落，并伴隨接連不斷的轟鳴聲響起。
這時的六角承禎、六角義治父子才后知后覺的意識到自己是被上杉家迷惑了。
可上杉軍這邊并沒有給六角家任何做出應對的機會。
作為櫻田景親部先手役的藤堂虎高，率先率本部騎馬武士五十余人強渡野洲川后，兵鋒直指石部城。
黑川勢、芥川勢大都是步卒，戰馬屈指可數，很快就被藤堂部追上。
黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人見自己無法擺脫上杉軍的追兵后，就打算效仿百地三太夫在長光寺城之戰中那樣，設伏狙殺上杉軍的有名武士，以迫使上杉軍暫緩攻勢。
但是，藤堂虎高可與先前被百地三太夫討取的府中長尾家譜代家臣本莊玖介不同，他早在十六歲時就離開了近江前往甲斐出仕武田家，并以過人的武勇、才華受到武田信虎的重視，得以拜領武田信虎的偏諱‘虎’字。
而且，藤堂虎高對于甲賀眾、伊賀眾的戰法也是頗為熟悉。先不說他本就出身于近江犬上郡，在離開東國后，他還先后出仕過京極家、淺井家，曾多次與六角軍展開交鋒。
在發現前方敵軍的武士、足輕、農兵反身對己方軍勢發起沖擊，且二十余名身著黑衣的忍者‘逃入’一旁的密林之中后，藤堂高虎當即判斷出這是六角軍忍者意圖依托密林來對己方軍勢造成大量殺傷之計，而那些武士、足輕、農兵只不過是引誘自己的棋子罷了。
于是，藤堂虎高直接率麾下的五十余名騎馬武士直撲阻擋自己的六角軍。
畢竟從谷城逃離的六角軍已經成驚弓之鳥，戰意和士氣非常低落，哪里能阻擋氣勢如虹的上杉軍？
很快，藤堂虎高就沖破了六角軍的陣勢，隨后又再度轉身率騎馬武士又殺入敵陣之中，一舉將二百八十余六角軍擊潰。
而后，藤堂虎高并沒有繼續沿著石部原西面南下，反而是利用騎馬武士的機動性，前往石部原中部的開闊地帶后，再向南攻向石部城。
眼見藤堂虎高部沒有按照自己預想的那樣經石部原西面密林南下后，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人一面派遣一名忍者前往石部城告知主君六角承禎上杉軍正大舉南下的消息，一面率二十余名忍者緊隨藤堂虎高部之后，意圖伺機尋找合適之機，討取上杉軍的有名武士。
當黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人好不容易迂回至藤堂虎高部的后方，卻剛好遇上了渡過野洲川的吉田重高部。
吉田重高在出仕六角家之時，就看不上這些忍者使出見不得人的勾當。加上箕作城之戰中，六角承禎、六角義治父子沒有派出一兵一卒去馳援遭到以上杉軍為首的官軍圍攻的箕作城，導致以吉田重政、吉田和泉守、吉田若狹守、松本民部少輔等吉田一族武士為首的守軍一千余人被討取。
故而，吉田重高可不打算放過面前不遠處的這些六角軍忍者，便毫不猶豫的下令麾下軍勢放箭。
要知道，吉田一族的日置流弓術是揚名于近畿諸國的。
在吉田重高的一聲令下，吉田勢的武士、足輕先單膝跪地，而后手扣弓弦箭羽，俯下身子，然后猛然立起，以精準的眼力與強勁的膂力后，將箭矢射出。
轉瞬之間，黑川與四郎、芥川七郎兵衛等二十余人都沒轉身跑幾步，便盡數被吉田重高麾下的持弓武士、持弓足輕射殺。
而藤堂虎高自知麾下兵力寡少，也不打算貿然對石部城發起攻擊，便心生一計，分出一半的騎馬武士，讓他們將樹枝拴在馬尾上，并迂拖著樹枝策馬飛奔，弄得是塵土飛揚。
但石部城中的守軍對此并不知曉實情，還以為是上杉軍的大軍已經兵臨城下了。
加上黑川與四郎、芥川七郎兵衛等人先前派來的忍者也告知了菩提寺城、青木城、谷城三城在半天之內就被上杉軍攻落的消息后，使得六角承禎、六角義治父子幾乎被嚇得魂飛魄散，哪里還有繼續抵抗上杉軍侵攻的底氣？
隨后，六角承禎、六角義治父子就命百地三太夫作為護衛，帶著家眷再度逃離了石部城，讓石部城城主石部家清負責繼續堅守城池，以阻遏上杉軍持續南下的步伐。
與此同時，宇佐美定滿這一路軍勢在越過水口丘陵后，攻勢也是異常順利。
雖然，宇佐美定滿配下沒有熟悉甲賀郡地理的南近江諸將參陣，但依靠兵力、裝備上的優勢，還是接連攻落畑村城、山村田引城、迎山城、伴中山城、山村城、北脇城等十余座城池兵砦，還討取了針和泉守、小川孫三郎、野田五郎等數名甲賀郡諸將。新城越前守、青木筑后守、大野宮內少輔等人見勢不妙，更是不戰而逃。
不過，作為六角家旗下有力國人領主，且實力絲毫不亞于甲賀眾筆頭家望月家的山中家，卻并沒有不戰而逃，反而是做好充分籠城固守的準備。同時，山中俊好還派遣使者前往距離居城山中城僅有三里不到的大池寺城，請求同為甲賀柏木三家之一的美濃部家對自己伸出援手，遙相呼應，一同阻遏上杉軍的攻勢。
山中家的苗字來源于鈴鹿山上山中村，在鐮倉幕府統治時期的嘉祿二年（1226年），山中家家祖橘中務丞俊信在討伐鈴鹿山山賊之時立下功績，被鐮倉府授予山中村地頭職、鈴鹿山盜賊追捕使等職，此后就將苗字改為了山中。
而甲賀郡中的巖屋家、大平家、石部家、野村家、山村家、三云家、宇田家、原家等國人領主皆是山中家的庶子家。
雖說山中一族獲得鐮倉幕府的重用而發跡，可在元弘之亂爆發后，山中家卻對鐮倉幕府恩將仇報，不僅拒絕鐮倉軍通過鈴鹿山一帶，還主動倒向了朝廷一方，獲得了后醍醐天皇授予的鈴警固役之職。
沒過多久，后醍醐天皇與足利尊氏之間交惡，山中家并沒有繼續站在朝廷一方，反而是倒向了足利尊氏一方，向支持朝廷的頓宮家、小佐治家等甲賀郡國人領主發起攻擊。
而后，山中家雖然在關應擾亂爆發后，一度倒向南朝一方，但在北朝一方獲得優勢之際，又叛離了南朝，重返北朝一方。
在應仁之亂爆發后，山中家倒是支持西軍一方的六角家，與東軍一方的京極家展開交鋒，并于文明二年（1470年）的蒲生郡黑橋之戰中表現活躍。
等到了第一次六角征伐的長享元年（1487年）九月，山中家被時任六角家家督六角高賴要求固守栗太郡山田口一帶。
只是，六角軍兵力寡少，在野洲河原之戰中被占有絕對兵力優勢的足利軍一舉擊潰，六角高賴被迫放棄本據觀音寺城逃往甲賀郡之中藏匿。
在長享元年十二月，以山中橘六為首的甲賀眾奉六角高賴之命，對足利軍本陣所在的上鉤寺發起了夜襲，對足利軍造成了相當的損失。
此后，有著活躍功績的五十三名甲賀眾被六角高賴授予感狀，還將其中的二十一人收為了直臣。
即便山中家獲得了六角家的重用和信賴，但山中家依舊沒有死心塌地的效忠于六角家，反而在六角家與淺井家交鋒之際，被淺井長政調略，獲得淺井家頒下野洲郡、栗太郡、志賀郡、桐原七鄉等地的安堵狀。
若非淺井家因支援北陸道一向一揆眾與上杉家交惡，山中家也不會選擇歸參六角家保全本領和家名。
可美濃部家這邊卻沒有與山中家并肩作戰的想法。
別看美濃部家是甲賀郡的柏木三家之一，且實力絲毫不亞于同為柏木三家的山中家。
與山中家不同的是，美濃部家從未受到過朝廷、幕府的重視和重用。因美濃部鄉曾經隸屬于菅原家，此后美濃部家就尊菅原氏為自家祖先。
由于美濃部領與山中領接壤，自古以來兩家多次爭奪柏木神社周邊肥沃土地、水源而發生大大小小的沖突。而且，山中家是甲賀五十三家之中最為反復無常的一家。
加上現任美濃部家家督美濃部上總介是迎娶了蒲生定秀之妹為正室，并在之前還將六角家意圖派遣忍者行刺上杉家筆頭重臣上杉定虎之事秘密告知。
若不是蒲生定秀、蒲生賢秀要求美濃部上總介繼續蟄伏于六角家之中，他早就有意效仿多羅尾家那樣倒向上杉家一方了。
就在宇佐美定滿、水谷正村、長尾當長、一栗放牛等將上杉軍諸將幾乎橫掃柏木莊、水口鄉兩地，進而攻向甲賀山中城之際，美濃部上總介趕緊將自己的兒子美濃部六郎三郎作為人質，送往觀音寺城以示恭順之意，并下令協防音羽野城、土山城、平子城等東甲賀郡城池兵砦的美濃部六右衛門尉、美濃部下總守等同族家臣、家中之人伺機刺殺守將、打開城門策應蒲生勢的攻勢，他自己還主動開城向上杉軍投降。
獲知美濃部家叛離六角家消息的山中俊好是憤怒不已，但也無濟于事。他很早就意識到六角家是艘即將傾覆的破船，可一直以來沒有合適的機會與上杉家進行聯系，臨近周邊的國人領主們也沒有人愿意為山中家牽線搭橋。這就使得山中家上下只能硬著頭皮繼續追隨六角承禎、六角義治父子。
即便沒有周邊有力國人領主的支援，山中俊好也沒有因此而感到氣餒。
再怎么說，山中家是盤踞在甲賀柏木莊一帶長達三百三十余年，不僅熟悉周邊的地理，還有著民心的支持，完全能夠擊退來自上杉家的侵攻。
然而，山中俊好少算了一點——上杉軍的裝備。
上杉軍可不是純粹使用冷兵器，還裝備著狹間鐵炮、大鐵炮、佛郎機炮等新銳火器，戰法也與其他大名不同，極少發生使用蟻附攻城的狀況。
此次負責攻打山中城的宇佐美定滿部還被上杉清定配置了五門佛郎機炮。
山中城并非單一的城池，在山中家歷代家督的加固、擴建下，以居城山中城為中心，北面有植城、唯稱寺砦，西面有西出館，西南方有極樂寺砦，東面有宇田砦。
在上杉軍兵臨城下之前，山中俊好就已經命治下領民前往山中城中進行協防，并將分別流經城北、城南的泉川、野洲川上的橋梁全部毀壞，打算以泉川、野洲川來作為山中城天然的護城河，還在泉川、野洲川兩岸皆布置了大量逆茂木、亂杭、撒菱、柵欄等大量阻遏行軍以及攻城之物來阻遏上杉軍的攻勢。
可出乎所有山中城守軍意料之外的是，他們先前辛辛苦苦布置的一切，并沒有起到什么作用。
宇佐美定滿是巴不得甲賀眾都一個個的固守在自己的居城之中，好讓自己來個一勺燴。他最頭疼的就是甲賀眾潛伏于深山密林之中，這樣會給上杉軍造成極大的麻煩。
很快，在宇佐美定滿的指揮下，上杉軍先是將五門佛郎機炮架設在泉川的北岸一處高地上，在萬事俱備后，就朝著山中城北面的植城、唯稱寺砦展開猛烈的炮擊。
隨著五門佛郎機炮接連發出巨大的轟鳴聲，大量炮彈發出的呼嘯聲銳利且刺耳，炮聲更是震動人心。